Chương trình giáo dục THPT Đoàn Thị Điểm được thiết kế đa dạng và linh hoạt, kết hợp chương trình chuẩn của Bộ Giáo dục và Đào tạo với các chương trình học thuật chuyên sâu và định hướng quốc tế như Cambridge, các lộ trình tăng cường Tiếng Anh, Tiếng Trung, Tiếng Nhật, Toán bằng tiếng Anh, Công nghệ thông tin (IT), cùng các lớp Quốc tế (E0) và chương trình AP theo định hướng giáo dục Hoa Kỳ đáp ứng năng lực cá nhân và định hướng hội nhập của mỗi học sinh.